為實現對藥品的生產、流通、庫存等領域實時監控。藥品電子監管碼系統分為生產企業、經營企業、監管部門三個分支、在中國藥品電子監管網平臺上統一運行。整個系統圍繞監管碼的企業申請、系統核發、監管碼導入、產品包裝盒賦碼、監管碼關聯、企業入庫、企業出庫、數據上傳、商業入庫、商業出庫、消費查詢、監管追溯等過程完成監管碼運行的整個流程，見下圖。
在藥品電子監管碼系統運行過程中，中國藥品電子監管網和生產企業賦碼系統是最為關鍵的。藥品電子監管網是一個統一的、覆蓋全國的藥品監管系統，其可實現：
1.藥品從生產出廠、流通、儲存直至配送給醫療機構全過程都能在藥品監管部門的監控之下；
2.實時查詢每一盒、每一箱、每一批藥品生產、經營、庫存以及流向情況，遇有問題可以迅速追溯和召回；
3.各企業超資質生產和經營預警，藥品銷售數量異常預警，藥品發貨與收貨數量和品種核實預警，及時發現藥品是否流失；
4.藥品監管人員可以通過上網或手機便利地在現場適時稽查；
5.消費者可以通過網站、短信、電話對監管碼進行終端查詢。可以獲得生產日期、生產批號、有效期等有效信息，進行藥品真偽的查詢。
生產企業監管碼賦碼系統是一種柔性平臺，可根據企業不同品種的不同包裝情況進行調整。系統對內與條碼掃描器、顯示屏、剔廢裝置、條碼打印機等設備通過接口進行聯系，通過現場收集數據傳送到賦碼系統后臺，經過后臺邏輯處理，將信息反饋給現場指導作業人員如何進行下一步作業；對外則通過專用接口與中國藥品電子監管網對接，進行監管碼的導入，并將關聯好的監管碼文件上傳至中國藥品電子監管網。